Khi GUTS-Select điều tra những vụ mất tích bí ẩn, họ phát hiện ra đó là do một người ngoài hành tinh độc ác có ý định xâm lược Trái đất, tên là Giáo sư Gibellus gây ra. Tuy nhiên, đúng lúc đó, một người phụ nữ bí ẩn xuất hiện để giúp đỡ GUTS-Select.

Diễn ra hai năm sau sự kiện của Ultraman Trigger, một mối đe dọa cực kỳ cổ xưa lại xuất hiện, dẫn đến sự trở lại của Ultraman Trigger và Ultraman Zett để cứu thế giới, nhưng mọi chuyện không như vẻ bề ngoài.