Ryotaro Nogami transforms into Kamen Rider Den-O traveling to different times using the time-traveling train DenLiner to battle the Imagin monsters and preventing them from altering the past to affect the present and future.

Diễn ra hai năm sau sự kiện của Ultraman Trigger, một mối đe dọa cực kỳ cổ xưa lại xuất hiện, dẫn đến sự trở lại của Ultraman Trigger và Ultraman Zett để cứu thế giới, nhưng mọi chuyện không như vẻ bề ngoài.