Biệt đội G.I. Joe không chỉ chiến đấu với Cobra kẻ tử thù của họ, họ còn bị buộc phải đấu tranh với các mối đe dọa nguy hiểm cho sự tồn tại của mình đến từ chính phủ…

Khi đội S.W.A.T bắt giữ gã tội phạm bí ẩn và khét tiếng, các mối đe dọa quốc tế đã mở một loạt cuộc tấn công nhằm vào trụ sở của đội hòng cướp lại gã này.