Ở mùa 5, Worf xuất hiện và kích động mâu thuẫn trong phe Klingon chỉ với mục đích giải trí, nhưng tính cứng đầu của họ đã đạp đổ mọi nỗ lực ngoại giao.

Tàu không gian “Defiant” được giao nhiệm vụ đến DS9 sau khi phi hành đoàn khám phá được thêm về Dominion và các Nhà sáng lập của nó, với mối liên hệ bất ngờ tới Odo.

Phi hành đoàn Deep Space Nine của Liên bang và các sĩ quan Bajoran góp mặt trong phần kết của loạt phim, khi Cuộc chiến Dominion dần đi đến hồi kết.

Sisko cố gắng lèo lái nền chính trị phức tạp của hành tinh Bajor độc lập, đồng thời cũng nghe được nhiều tin đồn về một nền văn minh cường thịnh ở bên kia lỗ sâu.

Ở mùa 6, cuộc chiến Dominion trở nên ác liệt và phi hành đoàn, dẫn dắt bởi chỉ huy Benjamin Sisko, phải tìm cách trụ vững trước thời kỳ bất an này.

Mùa 4 mang đến các tình tiết then chốt khi Dominion có được quyền lực, kèm theo đó là trận chiến tổng lực diễn ra giữa phe Klingon và những người bảo vệ trạm không gian.