Thuyền trưởng Kirk và phi đoàn đụng độ một loạt sinh vật mới lạ lùng trong loạt phim hoạt hình này, bao gồm cả một chủng tộc vũ trụ đã bỏ chạy khỏi Trái đất trước đây.

Trong Mùa 2 của loạt phim hoạt hình này, phi đoàn tàu Enterprise mắc kẹt ở một vũ trụ mà thời gian trôi ngược.

Được lãnh đạo bởi Cơ trưởng Kirk điềm tĩnh, phi hành đoàn của phi thuyền Enterprise tiến sâu vào không gian xa xôi để khám phá những thế giới và nền văn minh mới.

Ở mùa 4, Wesley Crusher khởi hành tới Học viện Starfleet, Data cuối cùng đã gặp được người tạo ra mình, một tổ đội dịch chuyển lên tàu Borg và nhiều tình tiết khác.

Phi hành đoàn đối mặt với nhiều tình huống khó nhằn, từ một cuộc đối đầu khác với sinh vật Q hùng mạnh, tới việc ứng phó với nhà văn Mark Twain tọc mạch của thế kỷ 19.

Nhiều thập kỷ sau cuộc phiêu lưu của phi hành đoàn Enterprise đầu tiên, Thuyền trưởng Jean-Luc Picard chỉ huy tàu Enterprise mới với sứ mệnh khám phá những thế giới mới.

Tiếp tục những chuyến phiêu lưu ngoài vũ trụ, Spock đến thăm hành tinh quê nhà, Scotty đối mặt với tội giết người và nhà hàng hải người Nga Chekov gia nhập Enterprise.

Data khám phá ra một thế giới cảm xúc mới, phi hành đoàn tìm cách vô hiệu hóa một vũ khí Vulcan cổ đại, và Picard đối mặt với bài thử khó khăn do Q tạo ra.

Mùa 2 đưa Thuyền trưởng Picard và phi hành đoàn phiêu lưu tới những thế giới mới hoàn toàn xa lạ, và họ phải đối mặt với loài Borg hùng mạnh.

Thuyền trưởng Picard trải nghiệm một cuộc đời khác, Worf thích nghi với việc làm bố, tộc Vulcan và Romulan tiến gần đến việc kí giao ước hòa bình và nhiều tình tiết khác.

Trong quá trình phiêu lưu của phi hành đoàn, tộc Ferengi bắt cóc Troi và Riker, Data trải nghiệm thiên chức làm bố, và biến động thời gian mang Tasha Yar trở lại.

Cơ trưởng Kirk và phi hành đoàn Enterprise dũng cảm có xung đột nguy hiểm với Klingon, Romulan, nhân vật hình người huyền bí và các chủng tộc người ngoài hành tinh khác.