Năm 2045, lính đánh thuê điều khiển học Motoko Kusanagi trở lại Đội 9 để đối mặt với mối đe dọa nguy hiểm mới: hậu nhân.

Sau khi tìm được một nguồn tin ở California, Thiếu tá Kusanagi Motoko và Đội 9 quay lại Tokyo khi mối đe dọa hậu nhân ngày càng trở nên táo tợn.

Thiếu tá Kusanagi rời Đội 9 sau một loạt vụ tự sát của dân tị nạn, bỏ mặc các đồng nghiệp của cô chiến đấu với hacker có tên Người điều khiển rối.

Thế giới ảo trở nên bất lực trước những kẻ khủng bố xảo quyệt, nhưng một tia hi vọng vẫn còn le lói, nhờ đội quân quả cảm của Đội trưởng Aramaki.

Bộ anime lấy cảm hứng từ manga này theo chân lực lượng an ninh quả cảm – Đội 9. Họ luôn nỗ lực đấu tranh với tội ác và khủng bố mạng.

Năm 2045, Kusanagi Motoko và Đội 9 trở lại để chiến đấu với một mối đe dọa mới nguy hiểm. Đây là bản cắt từ mùa đầu tiên của “SAC_2045”, có độ dài ngang phim điện ảnh.