Cuộc phiêu lưu tiếp tục khi Go và Satoshi tiến xa hơn trên hành trình nghiên cứu và Go tham gia Dự án Mew. Nhưng Mew không phải là Pokémon Huyền Thoại duy nhất!

Nhà huấn luyện trẻ tuổi Satoshi và người bạn mới Go trở thành nghiên cứu sinh tại phòng nghiên cứu của Giáo sư Sakuragi. Họ đi khắp thế giới để tìm hiểu về Pokémon.

Ở pháo đài hiện là nơi trú ẩn của con người, cô gái làm công việc sửa chữa muốn thành chiến binh, nhưng vị sếp mệt mỏi của cô đã ngừng chiến đấu từ lâu.

Pháp sư Asakura Yoh tham gia giải đấu được tổ chức 500 năm một lần, so tài với các pháp sư khác để trở thành Vua pháp thuật toàn năng.